私が某新聞社の出版部にいたとき、表記で本当に悩んだ経験がありました。
秋にとれる鮭の一種「目近」をカタカナで表記している文を校正するにあたり、
これは「メヂカ」とすべきか「メジカ」とすべきかで悩んだのです。

脂がのった秋鮭の中でも「目近」と呼ばれるものの味は最高で、何万尾に一尾とれるかどうかの幻の魚だそうです。
この鮭が「目近」と呼ばれるわけは、顔がこぶりで鼻先に「目が近い」ためだとか。悩んでいた文というのは、
取材した記者に向かって漁師さんが「この鮭は目が近いからメヂカって呼ばれるんだよ」と説明しているくだりでした。

「メがチカい」んだから「メヂカ」……とするのが妥当のように思えます。
しかしそれをグッとこらえて、「メジカ」とした記憶が鮮明です。まるで昨日のことのように思い出されます。
その結果、その文は「この鮭は目が近いからメジカって呼ばれるんだよ」というチグハグなものになりました（泣）。

私や、私の上司が悩みながらもそうした理由は、その新聞社の独自のルール（たぶん）で「動植物の名前にはヅ・ヂは使わない」
としていたためです。「じゃあ、鍋鶴はナベズルなのかよ！」なんて、聞き分けのないことを言いたくなったものでした。

ところで、その新聞社でも鍋鶴は「ナベヅル」でOKだったのだと思います。
理由はもちろん、「鶴」はもともと「ツル」という動物名であることが大前提で、これに「ナベ」がついた結果「ツル→ヅル」のように
濁ったからです。（これを「連濁」といいます。）「メヂカ」の場合は、「チカ」という動物名があるわけではなく、「目近」の一語で
その鮭を表わしているので、残念ながら（？）「メジカ」とされてしまったわけなのです。
　
　
　
さて、「ヅ・ヂ」の用法については、
1946年11月の内閣告示「現代かなづかい」・1986年７月の内閣告示「改定　現代仮名遣い」、
1954年３月の国語審議会報告「外来語の表記」・1991年６月の内閣告示「改定　外来語の表記」
で「目安」が提示されています。

両者を要約すれば、
・通常の口語を表記する際には、旧仮名遣いである「づ」「ぢ」は基本的には使用しない。
・しかし、本来「つ」「ち」で始まる語（特に和語、やまとことば）に、ほかの語がくっついたり、
　同じ言葉が続いたりする関係で「つ」「ち」が連濁したと考えられるものは、「づ」「ぢ」と表記する。
　（例：三日月＝みかづき、散り散り＝ちりぢり、続き＝つづき）
・ただし、漢字の音読みには「ヅ」「ヂ」は使用しない。（例：地震＝ジシン…「ジ」は音読み）
・外来語については「ヅ」「ヂ」は使用しない。
……って感じになりますかね。

ここには、先にかかげたような動植物名についてのルールに言及はありません。
「動植物の名前にはヅ・ヂは使わない」というのは、やはり某新聞社の独自ルールの線が濃厚ですね。
　
　
　
……と思っていたところに、最近、思わぬ例を目にしました。

それは「ルリジサ」です。

天然のエッセンシャルオイルを配合した化粧水を購入したとき、なにげなくその成分表示を
見ていて発見したのがこの「ルリジサ」。「ルリジサ油」と書かれていたと思います。ルリジサがルリヂシャ、
すなわち「瑠璃（るり）」＋「萵苣（ちしゃ・ちさ）」のことだと気づくのに数十秒。

萵苣とはレタスの仲間を表わす和語です。辞書では「ちしゃ」が優先で、「ちさ」ともいうとか、
昔は「ちさ」だったけど今は訛って「ちしゃ」になった、などと書かれています。
（ルリヂシャは青い花が咲く品種で、この種からとれるエッセンシャルオイルは美容効果が高いことで有望視されています。）

「ちしゃ」はれっきとした和語、やまとことばで、「萵苣」という語は音読みなら「ワキョ」となります。つまり、「百合」などと
同じように、もとから日本にあった和語に中国の字をあてて、読みはそのままやまとことばを使用した熟字訓なのですね。

やまとことばなのだから、「外来語の表記」にしたがう必要はありません。堂々と「ルリヂシャ」としていいはずです。
動植物の名前はしばしばカタカナで表記することがありますが、それは外来語的な扱いではなく、
和語をカタカナ書きにする生物学の慣例を採り入れたものなわけですから。

それに加えて私の場合は、「ちしゃ・ちさ」はそもそも見慣れない、耳慣れない言葉ながら、かろうじて馴染みがあるのは
「ちさ」ではなく「ちしゃ」だったため、「ちさ」の採用に戸惑いを感じました。

このような二重の戸惑いを感じる人は、あまりいないのでしょうね。
「チシャとはレタスの仲間の萵苣のことだ」なんて、多くの人は考えません。
馴染みのない言葉だからこそ、ふだん使い慣れない「づ・ぢ」の使用に抵抗を覚えるのはいたしかたないかとも思います。
それに、「ルリヂシャ」より「ルリヂサ」のほうが言いやすい。これは否定できません。
結果、「ルリジサ」ができあがるわけですね。

エッセンシャルオイルのボトルなどに「ルリジサ」と書いてあるのを見るにつけ、
語本来の意味が失われている様子が感じられ、不思議な気分になります。