「yoshidango」さんの引用：
生後3ヶ月時点でショップからお迎えしたのですがその一ヶ月後に不正咬合を確認しました。
またショップに居る時からプキュ、プププ等の鳴き声を発しており獣医さんに元気があり異常はないが、元々気管支が弱いのかもしれないと言われていました。

難しいですね。
あえて獣医と違う判断をするのなら、不正咬合で栄養失調になっているか、心臓に原因があるとような気がしますね。

ハムスターなどの齧歯類の門歯（前歯）は、歯が欠けることを前提に伸びるので、ストレスなどで後天的（事故やケージを囓るなど）に不正咬合になったのなら、一度揃えてやれば普通は治ります。
不正咬合が治らないなら、先天的（奇形）だったり、栄養失調で悪循環しているなど考えられます。
しかし、餌に問題はなさそうだし、元々食欲がないということなので、先天的なのかなぁ～？っと思います。当然、栄養が足りず免疫力が落ちてくるので、気管支や脱毛などの、アレルギー反応を起こしているのではないでしょうか？
症状は季節や体調に影響すると思うので、いつもではないと思います。

心臓が原因だと思うのは経験的なことで、昔飼っていたゴールデンハムスターの腫瘍を病院で調べていたら、エコーで心臓の弁に奇形が見つかりました。首にできたリンパ腫のせいで、鼻から音が鳴っていたのかと思ったのですが、心臓が原因だったのかもしれません。
浮腫や免疫力も低下してくるので、腫瘍を取るため手術をするときに、膣に少し血が溜まっていることが分かりました。優先順位が低く、腫瘍が原因で亡くなったので、生殖器の病気は特定できていません。

別のゴールデンハムスターの話ですが、心臓肥大はゴールデンハムスターでは時々あるようで、胸水が溜まったり、肝臓も少し肥大していました。
体が負担を減らそうと、食べなくなって痩せるし、免疫力も低下して、息苦しそうになります。負担を減らそうと痩せる→免疫力低下は悪循環して、病気の特定をしない（できない）飼い主だと、ただの老衰に見えます。
心臓に負担がかかると、回し車を走ったり、散歩に出たがったりしませんが、病状が悪化しないと分からないかもしれません。

両方のハムスターとも病状が悪化してからの食事の量は減りましたが、どちらのハムスターも脱毛はありません。短毛種、長毛種の違いもあるかもしれないです。
写真を見る限り、引っ掻いた感じではなさそうなので、免疫力が低下して、人間でいう円形脱毛症になっているのではないですかね？再発するのも、季節や体調に影響しているのかもしれません。

「yoshidango」さんの引用：
今思えばフケも発疹もなく、また痒がる様子もなかったためストレス性のものだったとしたら
この手術こそが彼に多大なストレスになってしまったのではないか、
それを見抜けなかった病院を早々に変えるべきではなかったのかと自問自答を繰り返しています。

人間の病気でも、転院を繰り返しても分からないことがあるから、良い動物病院なのかの判断がなおさら難しいですよね。
ストレス性の脱毛なら、パターンがあるはずなので、病院を変えるかの判断はまだ先でもいいと思います。

「yoshidango」さんの引用：
外的要因(癖やかきむしっただけ)がこんなに定期的に現れる事もあるのでしょうか。

ストレスで引っ掻いている場合は、後ろ足で搔きやすい脇腹や耳の後ろですね。
ダニは吸血が目的なので、首の後ろや、毛の少ない耳ですかね。
長毛種なので、蒸れやすいとかありそうだけど、背中はあまり蒸れないだろうし。
アレルギーなら背中もないだろうし。
背中を搔いているところを見たことがないのなら、やはり免疫がらみだと思います。長毛種なので、ケージのどこに毛が落ちているか探せるのではないですかね？

「yoshidango」さんの引用：
3ヶ月～1歳までは爬虫類ケージ。現在はプラスチック水槽。

長毛種は蒸れに弱いので、爬虫類用ケージに戻した方がいいですね。
ゴールデンハムスターの短毛種（普通のゴールデン）でも、日本の夏は暑いので、長毛種は飼わない方が良いです。

「yoshidango」さんの引用：
また脱毛を相談した際獣医師に勧められたニュートリションと飼育ミルワームを与えていますが、元々食欲もないため本当に時々しかあげていません。

ニュートリションとハムスターで検索してみたけど、ヒットした商品はあまり良い物とは思えないですね。
余計に免疫力下がりそうなので、私なら与えないです。
長毛種ならなおさら、タンパク質が必要そうなんですけど、ミルワームも食べないですか。脱毛もあるので、ササミとかソーセージとか、動物性の餌を与えた方が良いですね。

「yoshidango」さんの引用：
歯の伸びを防止するために木の巣箱、かじり木、クルミなどを以前から入れていますが一度も噛んだ形跡がなく、興味を示しませんでした。

歯が健康でないと噛めないので、不正咬合ならなおさら噛まないのでないでしょうか？