2012/12/25 PDFDietEasy v2012.12.22.1がリリースされていました。手順1-1のテンプレート修正も不要となりました！非常に手軽に最適化されたmobiファイルが作成できます。
2012/11/24 PDFDietEasy v2012.11.24.1がリリースされました。デバイスリストにPaperwhite(mobi)が登録され、手順1-2が不要に、Kindlestripが同梱され手順2が不要となりました。手順1のテンプレートタグ修正は必要です。
2012/11/19 日本発売の実機で、問題なくフルスクリーン表示&右綴じ左開きできていることを確認しました。758x1024でのDot by Dot表示も確認しました。
細かな部分は随時更新していきます。
全画面Dot by Dot表示確認用mobiファイルアップしました。気になる方お試しください。
1pxごと格子状にしたGIFが各サイズあり、グレーが均一に表示できていればDot by Dotになっています。各サイズ10ページずつ入っています。（600x800等は5ページずつ）
http://www1.axfc.net/uploader/so/2682757

手順 1

手順 1-1 テンプレート修正（PDFDietEasy最新版は不要）

PDFDiet\devicelist.txtをテキストエディタで開き、Kindle Paperwhteの行の下あたりに
Kindle Paperwhite(mobi) 758 1024 Kindle
を、追加する。上記行の区切り空白はTABで置き換えてください。
ほかに使わないものは//を行頭に入れてコメントアウトするもよし。
Kindle 4 (non-Touch)の場合は、
Kindle4(mobi) 599 798 Kindle

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手順 1-3 PDFDietを起動

PDFDietを起動して、出力をmobi、デバイスをKindle Paperwhite(mobi)にします。

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手順 1-4 Kindlegenの導入

PDFDietでmobiを作成しようとすると、Kindlegenの導入の案内が出るので進めるか、あらかじめkindlegen.exeをPDFDietフォルダにコピーしておく。 http://www.amazon.com/gp/feature.html?ie=UTF8&docId=1000765211

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手順 1-5 変換作業

元ファイル(PDF,ZIPなど)をPDFDietフォルダーにコピーする。そのファイルをPDFDietEasyにドラッグ＆ドロップすると変換作業が始まる。作業が進むとKindlegenが起動し、キー入力が求められるのでスペースキーなどを押すと変換作業が終了しmobiファイルがPDFDietフォルダに作成される。ただしソースが含まれたmobiなので容量が倍近くになっているはず。削減したい場合には手順2。そのままでも使うことはできる（手順3へ）。

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手順 2 Kindlestripを使って容量半減（PDFDietEasy最新版は不要）

Kindlestrip Python script and AppleScript wrapper - MobileRead Forums

http://www.mobileread.com/forums/showthread.php?t=96903

Kindlestrip Python script and AppleScript wrapper Mobi

http://cdn0.4dots.com/i/mr/misc/logo.png

Kindlestripを使って、PDFDiet(KindleGen)で出来たmobiファイルの容量を削減する。内包されたePubソースを削除するので約半分になる。この手順を行わなくても、ファイル容量が大きいだけで他には差がありません。Pythonスクリプトなので、Windowsの場合はPython 2.xをインストールしてください。Macはそのままでいけます。 http://www.python.org/

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Windowsの場合の使い方（デフォルトのc:\Python27にインストールした場合）
コマンドプロンプトを開いて
c:\Python27\python.exe kindlestripのディレクトリ\kindlestrip.py 元ファイルディレクトリ\元ファイル.mobi 変換先ディレクトリ\変換ファイル名.mobi

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手順 2（別の方法） Mobi Unpackを使って容量半減（スキップ可）

New Kindle/Mobi Decoder: mobiunpack.py - MobileRead Forums

http://www.mobileread.com/forums/showthread.php?t=61986

New Kindle/Mobi Decoder: mobiunpack.py Mobi

http://cdn0.4dots.com/i/mr/misc/logo.png

Kindlestrip以外にも容量を半減する方法はあり、mobi unpackを使えばPython v2.xが必要だがGUIで操作できる。
ダウンロードし解凍したら、Mobi_Unpack.pywを起動する。今回はアンパックが目的ではないので「Split Combination Mobi Files」にチェックを入れ、手順1で作成されたmobiファイルを選択し、変換先のディレクトリを指定する。ファイル選択の際デフォルト拡張子がprcとなっているので、mobiまたはAll Filesにするように。
変換後のmobi8-ファイル名.azw3を使用する。

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手順 3 Kindle Paperwhiteにコピー

USBケーブルを使って、mobiまたはazw3ファイルをKindle Paperwhiteのdocumentsディレクトリにコピーしてください。
実機で確認したところ、Kindleストアにて買った書籍は日本語ファイル名.azw3で、Paperwhiteは日本語ファイル名.mobiでも問題なさそうなので、ファイル名を半角英数字にする記述は削除しました。

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既知の問題

変換作業行う際は、元ファイルをPDFDietフォルダにおいてからドラッグ＆ドロップして起動する。変換中にエラーが発生してしまうため。これは、PDFDietEasyのショートカットをデスクトップにおいておけばエラーにはなりません。

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その他

Kindle4(non Touch)&ChainLPでも動作確認取れています。下記にまとめてあります。
http://matome.naver.jp/odai/2135167827642776001
ファームウェア初期バージョンはv5.3.0でしたが、下記ページではv5.3.1が公開されています。
http://www.amazon.co.jp/gp/help/customer/display.html/ref=hp_rel_topic?nodeId=200714040

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