ヨッシーストーリー

縦横スクロール型の2Dアクションゲーム。プレイヤーは様々な色のヨッシーを動かし、ヨッシー達の幸せの源である「スーパーしあわせのツリー｣を盗んだボスのベビークッパを倒すのが最終目的。ボスにたどり着くには、ストーリーモードで合計6つのステージをクリアしなければならない。

画面左上の、顔のある花を模した「にこにこメーター」がライフを示す。物語上、ヨッシーのしあわせの度合いを示している。何かを食べると花びらが増え、しあわせになるという仕組みである。メーターがゼロの状態でダメージを受けるか穴に落ちる（即ミスの仕掛けやリタイアコマンドもある）とプレイしていたヨッシーがベビークッパ城に連れ去られてしまう。全てのヨッシーが連れ去られるとゲームオーバーとなり、おはなしモードでもトライアルモードでも記録なしになる。

各ステージにはゴールが存在せず、ステージ内に多数配置されているフルーツを合計30個食べることでステージクリアとなる。クリアに必要なフルーツの種類は、リンゴ・ブドウ・スイカ・バナナ・メロンの5種類で任意に選ぶことができる。ヨッシーの色によってフルーツの好みは異なり、パワーの回復数も異なる。しかしメロンはどの色のヨッシーも好物で、すべてのヨッシーで同じ値のパワーが回復する。なお、隠しヨッシーであるくろヨッシーとしろヨッシーはどのフルーツを食べても同じスコアが得られ、回復値も同じ。他の6色のヨッシーが苦手なもの（トウガラシなど）でも、体力が回復する。このフルーツを30個食べるという工程を、6つのステージで行いボスの所まで進む。ステージクリア時に倒した敵や食べたフルーツ、残っているヨッシーの数などによって得点が計算される。

ゲームには6つのワールドが用意されており、さらに各ワールドには4つのステージがある（基本的に数字が大きいステージほど難易度が高い）。ワールドに入るごとにどれか1つのステージを選択するが、すべてのステージを選択するためには前のステージ内でアイテムのスペシャルハートを入手しなければならない。そのため、ゲーム中のデモシーンで展開される物語の組み合わせや、オールクリアまでのルート選択は4^6=4096通りにも及ぶ。さらにスコアにあたるしあわせの量によってエンディングの内容も違うため、さらにストーリーの組み合わせは増える。

ヨッシーの操作は前作と同様。ふんばりジャンプなどの特徴的アクションも引き継がれた。隠されたアイテムなどを探すために、Rボタンで「においをかぐ」ことができる。

『ヨッシーアイランド』が平面的な落書き風のグラフィックで表現されているのに対し、本作の世界観やステージは工作・手芸で作られたような立体的かつ写実的なグラフィックで表現されており、「割れ物注意」のマークなどが印刷されているダンボール、新聞紙、布、毛糸、風船、粘土など、普段目にする物がステージの背景の一部になっている所もある。

通常のボスまでの道のりを攻略する「おはなしモード」の他に、一度クリアしたコースを遊べる「トライアルモード」と、基本操作を覚えるのに最適な「れんしゅうモード」がある。トライアルモードでアイテムや敵の場所などを把握しておくと、「おはなしモード」攻略が楽になる。

以降の作品ではヨッシーと言えば大抵本作の世界観を出したステージを製作している（『大乱闘スマッシュブラザーズ』のヨッシーアイランドステージなど）。ヨッシーの声も本作の物が主流となっている。

いたずらっ子のベビークッパに大切な「スーパーしあわせのツリー」を奪われた上、ヨッシーたちの島を絵本の世界に変えられてしまった。スーパーしあわせのツリーがないせいでヨッシーたちはみんなヘナヘナ。そんな中、6つのタマゴから元気なちびヨッシーが産まれた。大好きなフルーツを食べて幸せになれば、みんなも幸せになるに違いない。ちびヨッシーたちの冒険が始まった。

基本の武器。敵を飲み込んだり、タマゴブロックから入手する。本作では『ヨッシーアイランド』とは違い、決めた標準の位置までタマゴが飛ぶと、花火になって弾ける。この花火でしか倒せない敵もいる。; 1枚1点に相当する。
コインちゃん: ?ブロックの中から5枚飛び出し、全部回収するとメロンになる。食べることもできる。; ?ブロックなどから出現する。幾つも連なった箱を落さないように運ぶことでメロンが箱の数だけ手に入る。
スペシャルハート: 一つのコースに必ず3つ隠されている。取った数に応じて、次のステージで選べるコースが増える。例えばステージ1でハートを2つ取れば、ステージ2ではコース1〜3の中からプレイするコースを選べる。; 4つのコースに二個ずつ隠されている。これを保有したままゴールすれば、次のコース選択画面からくろヨッシー、しろヨッシーが仲間に加わって、一度仲間にすることでゲームをクリアして最初からプレイすると最初から使用可能になっている。ただし、ミスしてしろヘイホーに助けてもらわずにゲームをクリアしたりゲームオーバーすると次のプレイではいなくなってしまう。また、仲間になってもトライアルモードでは使用できない。この2匹は舌が長く、大抵の敵を食べることができ、フルーツの好き嫌いも無い他、花火の威力が若干大きい。また、他のヨッシーに比べてくろヨッシーは声が低く、しろヨッシーは声が高い。

7種類のフルーツがあり、落ちていたり宙に浮いていたり、シャボンに入っていたりする。ヨッシーの色と同じ色のフルーツを食べれば、メーターとスコアがより増える。

あかヨッシー、ピンクヨッシーの好物。; きいろヨッシーの好物。; みどりヨッシーの好物。; あおヨッシー、みずいろヨッシーの好物。; 全てのヨッシーの好物。他の好きなフルーツは3点にしかならないが、メロンは1個100点となる。敵が持っていたり、地面に埋まっていたりして見つけにくいが、1コースに必ず30個存在し、全てメロンだけを食べてクリアすることもできる。; 辛いので食べるとふしあわせ（メーターが下がる）になる。くろヨッシーとしろヨッシーは例外で、食べるとメーターが増える。
ハートフルーツ: ハート型のフルーツ。同じフルーツを6個連続で食べると出現（?シャボンなどから出てくる場合もある）。食べるとしばらく無敵（正式にはスーパーにこにこ状態）となり、ヒップドロップで画面上の全敵を一編にフルーツに変えられるほか、舌の伸びる長さが1.5倍になり、タマゴをいくらでも投げられるようになる。他にもタマゴの花火が大きくなり、しろヨッシーとくろヨッシーの場合は画面が揺れてシャボンが割れる効果もある。また無敵中の間はBGMの曲調がロックミュージック風に変化する。スコアは8点。画面が切り替わると効果は切れる。

メロンを獲得するために行われる。最高で7つのメロンを獲得することができる。

「?」ブロックを壊すとスタートフラッグが出る。できるだけ急いでゴールフラッグまで到達することが目的。かかった時間によりもらえるメロンの数が変化する。
メロンばこはこび: メロンが描かれたバケツを壊すと7つのメロン箱が降ってくる。それを落とさないようにゴールフラッグまで持っていくことが目的。7つのメロン箱は一度に降ってくるとは限らない。ゴールまで持っていったメロン箱の数だけメロンがもらえる。メロン箱を倒したり落としてしまうと失敗となり、メロンはもらえない。
はばとび: ジャンプしてより遠くへ到達することが目的。そのままジャンプしても遠くへ到達しないので、踏ん張りジャンプを駆使するしかない。ジャンプした飛距離に応じてもらえるメロンの数が変化する。

メッセージブロック: 叩くとヒントをしゃべってくれる。
タマゴブロック: 叩くとタマゴを出す。出すのは緑色のタマゴのみ。
!ブロック: 舌を伸ばしてつかまると、ヨッシーが上に上る。
?ブロック: アイテムが入っている。叩くとコインちゃんが出てきたりする。
?箱: アイテムが入っている。横から押して動かせる。ヒップドロップや箱同士をくっつける、ゼリーの中に入れるなどしてアイテムが手に入る。これを足場として利用しなければならない場所もある。また、ビックリンが入っている事もある。
?スイッチ: 踏むと何か仕掛けが動き出す。パネル状のスイッチはタマゴを当てることで作動する。; 割ると何か出てくる。敵が出てくることも。
ツボ: 入るとワープできる。
くものリフト: 点線に沿って動く。切り替えスイッチでコースを変えることができる。なお点線の端が閉じてないときは、リフトはそのまま落ちてしまう。
ゴムボール（※正式名称不明）: 上下左右の矢印が描かれた赤いボール。触れると大きく弾かれる。点線や地形に沿って動いている。
プロペラリフト: 乗るとプロペラが回りだし上昇する。左右に方向転換も可能。
傘: 落下中に広げるとゆっくり下降できる。左右に移動する際には大きく方向転換する。
かぜふきくも: 矢印の方向に風を吹いている雲。ふんばりジャンプ中に乗るとさらに高く飛び上がれる。
ゼリー: 乗ると沈み込む。赤いゼリーは柔らかく、水色のゼリーはやや硬い。不透明のものもある。ヒップドロップすると早く沈み込む。
玉: 乗って転がして進む。空中に浮いているものは端に乗ると回転する。
バネ: 乗ると大きくジャンプする。様々な大きさ・太さがあり、ジャンプ力が異なる。
ハッパ: 上に乗って空中をサーフィンできる。体重移動することで方向をコントロールできる。
トゲ鉄球（※正式名称不明）: 鎖の先にトゲの付いた鉄球があり、ゆっくり巻き上げられた後落ちてきたり、振り子のような動きをする。
シーソー: ヨッシーの乗った方へ大きく傾く。
輪っか: 乗って走りながら転がすことで、前方へと進んでいく。走る速度を調節をしないとコントロールができず、敵に当たったり、穴に落ちてミスになる危険性がある。
ブランコ: キカイなおしろにある。上に乗って左右に動かすと大きく揺れ、通路を塞いでいる錘を巻き上げる事ができる。揺れが収まると錘が下がり、挟まれてしまうと即ミス。
巨大なつるぎ: キカイなおしろにある。床や天井、壁から突然出てきて、当たるとダメージを受ける。出てきた後、左右に動くタイプもある。; 北米版では、左右に動くタイプのものはピンク色をしている。
歯車: キカイなおしろにある。足場にできるが、端に乗ると回転する。3つ連なったタイプは自動で動いており、間に巻き込まれると即ミス。
ドラム: キカイなおしろにある。乗ると手前か奥に回転し、そのまま乗っていると落下してしまう。
プレス機（※正式名称不明）: キカイなおしろにある。一定の間隔で作動し、ヨッシーを押しつぶそうとする。挟まれてしまうと即ミス。
ノコギリ: オバケなおしろ以外にある円形状のノコギリ。キカイなおしろとマグマなおしろでは床や壁や天井に取り付けられており、リフトなおしろでは軌道に沿って作動している。いずれも当たるとダメージを受けてしまう。
溶岩の滝: マグマなおしろにある。煙が出た後、パイプから放出される。かすっただけでもダメージを受けてしまう。

各ステージ、4つのコースが存在する。

はじまりの1ページ
コース1　ポチとたからさがし: 基本操作を覚えるのに最適なステージ。コース名通り名犬ポチも登場し、ヨッシーの手助けをしてくれる。
コース2　ビックリンでびっくり: コース名通りビックリンが出現するが、実際に登場するのはステージの後半から。難易度は低め。
コース3　スーパーレールリフト: 南国のステージ。序盤は竹馬ヘイホーが多く、中盤からは雲リフトが初登場。
コース4　たかいとうをのりこえて: 夜景が広がるステージ。プロペラリフトや吹き出し雲で登ったり、パラソルで降りたりしていく。

とざされた2ページ
コース1　ホネホネりゅうのあな: コース名通りホネホネりゅうが住み着いており、ヨッシーの行く手を阻む。敵キャラクターも多いが、難易度はそれほど高くはない。
コース2　ウンババのすむところ: マグマの海が広がる洞窟ステージ。ウンババやバブルがヨッシーの邪魔をする。マグマに落ちてしまうと無敵であっても即ミスになる。
コース3　ぷるぷるゼリーなどかん: 至る所にゼリーが敷き詰められている地下ステージ。ステージ構造がかなり広く迷いやすい。エリアのどこかに、おおナメクジが待ち受けている。
コース4　げきりゅうめいろ: コース3とよく似た地下ステージだが、ステージ構造はさらに複雑で、あちこちから激流が流れてくる。激流に触れてもダメージこそ無いが押されるため、場所によっては厄介な障害物となる。

くもの3ページ
コース1　くものあいだをぬけて: 足場がない所が多いため、ヘビリンやドラゴンに乗って進んでいく。落ちたらミスの場所が多く、難易度は高め。ボスはムシャムシャ。
コース2　たかいぞQちゃんのとう: バネで塔を登ったり、葉っぱサーフィンで空中を進むステージ。キューちゃんが登場するのは後半から。ボスはミエンデ。
コース3　さむくてもポチがいれば: 辺り一面雪に覆われたステージ。ゆきだまヘイホーやあほーどりが妨害してくる。名犬ポチも至る所に出現する。ボスはにゅうどう。
コース4　ムカデでイライラ!: 巨大なムカデが行く手を阻む雪原ステージ。輪っかに入って移動する場所があるが、操作には慣れが必要。ボスはドンババ。

ジャングルの4ページ
コース1　ガボンのいえ: あちこちにガボンが出現するステージ。ミノボンや巨大ワンワンが住み着いた家もある。
コース2　ジャングルのみずたまり: 初めて泳ぐことができる深い密林のステージ。後半からは巨大プクプクがヨッシーを食べようと襲ってくる。食べられてしまうと即ミスになってしまう。
コース3　パックンのふるさと: 至る所にパックンフラワーが出現するステージ。タマゴでしか倒せない敵が多く、適度に補充しないと攻略は難しい。落ちたらミスの場所が多い上、球に乗って進む場面もあるなど、難易度は極めて高い。
コース4　ジャングルのニョロロン: 不思議な生き物、ニョロロンが生息するジャングルのステージ。隠されたメロンやアイテムを取るには、彼らを利用しないといけない。ステージ後半からはゲーコが住む水辺を渡っていく。ここの水中は泳げるが、底無しになっているため、沈むと即ミスになってしまう。

うみの5ページ
コース1　うみといえばクラゲボン: クラゲボンが多く生息する海中ステージ。クラゲボンはどうやっても倒せないため避けるしかない。途中、ウナボンが生息する海底がある。
コース2　おさかなたっぷり: 様々な生物が生息する海中ステージ。倒せない敵が多く、見た目の華やかさとは裏腹に、難易度は非常に高い。
コース3　ビバ!バンブーダンサーズ: バンブーヘイホーが数多く待ち受けるステージ。最初に現れるジュゲムはメロンを6個持っているため、知らずに倒してしまうと30個達成できなくなる。
コース4　ヘイホーのかいぞくせん: 海賊船からボムへいが次々と撃ちこまれる、危なっかしいステージ。足場となる岩ブロックが、爆発によって破壊されるため、一瞬の油断が命取りになる。後半からはキラーも出現し、さらに避けにくくなる。

さいごの6ページ
コース1　キカイなおしろ: クッパ城ステージ1。ブランコを操作して錘を巻き上げたり、歯車を乗り継いだりしなければ先には進めない。通路の至る所には巨大なつるぎが仕掛けられている。中盤に登場するプレス機に挟まれると、無敵状態であっても即ミスになってしまう。
コース2　リフトなおしろ: クッパ城ステージ2。こちらは至る所にノコギリが動き回っている。中にはパラソルで降りていく場所や、リフトさんに乗って進む場面もある。くろヘイホーも至る所で待ち受けている。
コース3　オバケなおしろ: クッパ城ステージ3。内部は全体的に薄暗い。あちこちにめかくしテレサがうろついており、無暗に動いたりすると追い回される羽目になる。ヨッシーにとっては厄介な存在なのだが、ブロックテレサなどは逆に利用する事も可能である。
コース4　マグマなおしろ: クッパ城ステージ4。開始早々マグマの海が広がっており（落ちてしまうと即ミス）、先に進むにはドラゴンに乗る必要がある。ほとんどの通路が狭いにも関わらず、至る所から溶岩が流れて来るため、進行が困難。その他にもノコギリやおばけだま、バーナーヘイホーなど、触るだけでダメージを受ける敵やトラップが多数待ち受けている。

キャラクター

このゲームの主人公。卵から生まれたチビヨッシー。ゲーム開始時の初期は最大6匹から残り1匹までで、くろヨッシーとしろヨッシーも加われば最大8匹までに増える。ミスをしたら1匹がベビークッパ城へ連れ去られ、全て連れ去られてしまうとゲームオーバーとなる。いわゆる他のゲームの残機数の位置付けである。

ワープちゃん: お腹に1〜4までの数字が書かれた丸っこい生き物。普段は寝ているが、ヨッシーに踏まれるなどすると目を覚まし、その場でバンザイしながらジャンプするようになる。ゲーム中にミスした際は、目を覚ましているワープちゃんのうちナンバーが一番大きいところから再スタートとなる。また上に乗ってジャンプすることで、次のナンバーのワープちゃんのところへ飛ばしてくれる。
ポチ: 鼻も耳も無いが名犬。アイテムの匂いを嗅ぎつけてヨッシーに教えてくれる。
しろヘイホー: ヨッシーが1匹以上人数が欠けていると、コース内に必ず一匹隠れている。タマゴと同様に連れ歩け、コースクリア後、ヨッシーセレクトの画面に現れ、彼を選択すると連れ去られた（以前のコースでミスした）ヨッシーを連れ戻してきてくれる。いわゆる他のゲームの1UPの位置付けである。
しあわせちょう: 光る蝶。食べるとニコニコメーターが満タンになる。
リフトさん: ?ボックスから飛び出すオバケのような生き物。頭の上に木の足場を載せていて、乗ることができる。上に乗った状態で3Dスティックを動かすとその方向に伸び縮みする。
ヘビリン: 尺取虫のような生き物。乗ると動き出す。上に乗ってジャンプすると折れ曲がって進行方向が変わる。緑のものは横に進むので上下に折れ曲がる。ピンクのものは上へ進むので左右に折れ曲がる。
ドラゴン: ヨッシーに似た顔の巨大な龍。クネクネ曲がりながら進んでいく。上に乗ることができる。空のコースでは緑、溶岩のコースでは赤がいる。
ニョロロン: スライム状の細長いオバケ。上に乗ると高く伸びる。赤いものはヒップドロップすると縮む。
フワフワ: ふわふわ飛んでいる、上に乗れるオバケ。

食べられる敵のうち、美味しい敵は回復量、味のない敵は○、不味い敵は×と敵名の後に表記する。ヘイホーに限らず、同系色の敵を食べると大回復できる。

1ページ目初出

赤、黄、緑、青の4種がいる。ヨッシーのヒップドロップで色を変えることができる。同系色に変えてから倒すと高スコアとなる。; 背中にプロペラを付けた空飛ぶヘイホー。4人組みの者や、集団で現れる者もいる。
とうさんぞう: いじわるな象さん。名前の通り、手のマークの標識を持って、ヨッシーの通り道を邪魔する。ヒップドロップで転ばせた間に通り抜ければよい。
ケムちゃん: ハナチャンの毛虫バージョン。体の部位全てを踏むと倒せ、メロンを落とす。鼻歌を歌っている。
ミノボン: 蓑虫型の敵。タマゴを当てると紐をよじ登って逃げる。倒せない。
ビックリン: ?ボックスに隠れている風船のような生き物。タマゴやかるがーもをボックスにぶつけると正体を現し、息を吸い込んでヨッシーを吹き飛ばそうとする。ヘソのバンソウコウが弱点で、2回ぶつけるとしぼみ、メロンになる。
ホッピングヘイホー（1、同系色は3）: ホッピングに乗ったヘイホー。踏むと降りて普通のヘイホーになる。たけうまヘイホーとは違い、そのまま食べられる。
かるがーも: 丸っこい鳥の親子。触れてもダメージは受けない。親の後ろを歩く子供たちは連れていくことができ、タマゴと同様に投げることができる。ただし、ツボなどに入ると失われてしまう。
たけうまヘイホー: 竹馬に乗ったヘイホー。踏むか、後ろから攻撃すると降りて普通のヘイホーになる。
ウフフちょう（赤：3、赤・ピンクヨッシーは8）（青：×）: 笑った顔に羽の付いた蝶。赤、青色に変色し、赤いとき食べるとライフ回復に役立つ。; 砲台から発射される砲弾。食べられる。若干光っている。他の作品とは違い、砲台に乗ることはできない。ヨッシーに狙いを定めるタイプもある。

2ページ目初出

プチパックン（1）: 白くて小さいパックンフラワー。飛び跳ねて移動する。普通に食べられる。綿毛の付いたトゲだらけの種（×）が降ってくると生まれる。
ホネホネりゅう: 骨の竜。火を吐く。頭が弱点でヒップドロップかタマゴで2回攻撃すると倒せる。中ボスの三つ首タイプのものもいる。; 雲に乗った空飛ぶ眼鏡カメ。倒すと雲に乗れる。トゲだらけのパイポを投げてくる。岩石を投げる者や、水を落とす者もいる。タイムアタックやはばとびでメロンを運んでくる役目も果たす。
とんがりくん: タマネギのような敵。一定の間隔でジャンプしながら移動する。触れるとダメージを受ける上に、食べられない。身体が硬くてタマゴも弾いてしまうため、何をしても倒せない。; 火の玉。マグマの中から飛び出してくる。; 溶岩オバケ。倒せないが、タマゴを当てると、一時的だが溶岩の中に退散させることができる。どちらかというと『ヨッシーアイランド』版の姿に近い。
フレアバブル: 大型のバブル。不気味な声をあげながら斜めに飛び出してくる。倒せない。
パオ（1、黄色・水色ヨッシーは3）: 溶岩地帯に生息する青い象の頭型の敵。飛びながら、鼻から弾を発射してくる。食べられる。
すいてきくん（×）: くもや天井から降ってくる水滴。地面に落ちると跳ねながら近寄って来る。どの手段でも倒せるが、食べてもタマゴにできない。
ゼリーテレサ: ゼリーの床から顔を出す同化したテレサ。顔にヒップドロップすると倒せる。
おおナメクジ: 中ボス。ピンクとグリーンの迷彩柄のナメクジ。ぶよぶよなのでタマゴを跳ね返す。花火を3回当てると倒せる。
トゲころがりくん（○）: 紫のトゲ付きの玉型の敵。転がって体当たりしてくる。食べられるが、無限に現れる。
おやこテレサ: 後ろにこどもを引き連れたテレサ。ヨッシーと反対側に動く。倒せないが、子供に紛れているメロンを食べるといなくなる。

3ページ目初出

ブンブン（○）: 羽音がやかましい丸々としたハチ。どの手段でも倒せるが、無限に現れる。
ピヨピヨ（○）: 空を飛ぶ丸いヒヨコ。どの手段でも倒せるが、無限に現れる。タマゴを当てると焼き鳥（2）になる。; 前作に登場した丸い九官鳥。ボールに陣取ってうろついている。倒せない。
アセカキくん: 黒い頭に羽の付いたコウモリのような敵。踏めない上に食べられないが、タマゴをぶつければ倒せる。
ゆきだまヘイホー: 雪のステージで、道の外から雪玉を投げてくる。無敵状態でヒップドロップをする以外では倒せないが、無敵以外でヒップドロップをすると雪玉を作り直させることができる。
あほーどり: 「あほー」と鳴く白い鳥。背中に乗ることができる。爆弾を持っているものもいて、近付くと落としてくる。食べられないが、タマゴで倒せる。無限に現れる。
ムカデ: 黄色い蛇のような敵。足は無い。軌道にそって回っている。倒せない。
ターくん（1）: ペンギン。ヨッシーに体当たりしてくる。当たってもダメージは無いが、大きく弾かれるため、近くに穴があったりすると危険。今回はヨッシーが食べると卵になる。

4ページ目初出

トゲ玉のシューリンガンを吐いてぶつけて来るカメ一族。
ハチのす: ヨッシーに気付くと、蜂が群体となって進行を邪魔する。避けるにはゆっくり歩けばよい。この時、巣にタマゴを当てるとゲンコツされてダメージを受けてしまう。
ワンワン: おなじみ鉄球の身体をもつ犬。本作では、軌道に沿って左右に移動している。ヨッシーが触ってダメージを受けると、正面を向いて笑うような仕草を見せる。倒せない。
チビウナボン（2）: 次々と現れるピンク色の小さなウナギ。無限に現れる。食べられるが、タマゴにできない。
ボンバーフルーツ（×）: ヨッシーが近づくと落ちてくる。トゲだらけで食べても不味い。無限に現れる。
あかプク: 巨大なプクプク。水上に飛び出しヨッシーを食べようとし、食べられると一発でミス。倒せない。
あおプク: 青い巨大なプクプク。水面から水を吹いてヨッシーを落として食べようとし、あかプクと同様に食べられると一発でミス。潜っていても襲われてしまう。倒せない。
ペロペロパックン: 空飛ぶパックンフラワー。舌を伸ばしてきて、飲み込まれると手持ちのタマゴが無くなるほかヨッシーが一定時間小さくなってしまう。ただし、どれだけ食べられてもミスにはならない。タマゴで倒す。; 他のシリーズにも登場する人食い植物だが、本作のは巨大。トゲだらけの胴体部分を伸ばして襲ってくる。顔にタマゴをぶつけると、大木が切り倒されたような音を立てながら、倒れていく。道を塞ぐように現れるので、倒さないと先に進めない。
チューチューパックン: ペロペロパックンの地上固定版だが舌は出さないので、近づかなければ飲み込まれる事はない。タマゴで倒せる。
イモちゃん（×、青・水色ヨッシーは3）: 葉っぱに乗ってふわふわと落ちてくる芋虫。葉っぱはとてもおいしいが本人はマズイ。青ヨッシーと水色ヨッシーなら本人もおいしくいただける。; なお、葉っぱさえ食べなければ何度でも復活するので青ヨッシー、水色ヨッシーなら無限にスコアを稼ぐことも可能。; 魚。食べられる。
ゲーコ（○）: ジャングルに住むカエル。食べられる。踏んで倒す事も可能。通常サイズのほか、小さい者もいるがどちらも特徴は同じ。無限に現れる。
チビニョロロン: 大人のニョロロンと異なり全身トゲだらけなので触れない上、タマゴを当てても弾かれてしまう。画面を切り替えるたびにサイズや色が変わる。通ろうとすると急に落ちてくるものもいる。倒せない。

5ページ目初出

クラゲボン: 巨大な透明クラゲ。あおクラゲボン、あかクラゲボン、みどりクラゲボンがいる。それぞれ上下移動、ヨッシーに向かって移動、動かないという特徴がある。倒せない。あかクラゲボンは体内にフルーツを持っているものもいる。
トゲプク: ハリだらけのプクプク。食べられない上、狭い道を移動していることも多く、厄介な敵。
ウナボン: ひょろ長い白色の魚。ヨッシーを囲むようにゆっくり回る。倒せない。
せんすいかんヘイホー: 海中で登場する潜水艦に乗ったヘイホー。ヨッシーを見つけると魚雷を撃ってくる。魚雷はある程度なら追尾する。倒せない。
ポコポコ: 海底にいる貝。吐いた泡に触れると取り込まれて浮かんでしまう（敵も泡に触れると浮かぶ）。倒せないが、ポコポコ自体は触っても平気。
イソズキンちゃん: かわいいイソギンチャク。触手を動かしており、触れるとダメージを受ける。倒せない。フルーツを隠し持っていることが多い。
バンブーダンサーズ: 道の外にいて、竹を持って踊る二人一組のヘイホー。倒せない。
かいぞくせんヘイホー: 海上（背景）の海賊船からボムへいを撃ってくる。倒せない。足場が壊されるので厄介。; 爆弾。舌でつつくとタマゴと同様についてくる。投げて武器にすることはできるが、時間経過により爆発してしまう。

6ページ目初出

くろヘイホー（×、黒・白ヨッシーは2）: 重りをぶら下げた黒いプロペラヘイホー。ヨッシーが近付くと重りを落としてくる。不味いらしく、食べるとライフが減る（黒・白ヨッシーは逆にライフが増える）。倒してもすぐに新手が現れる。
めかくしテレサ: 目隠ししたテレサ。ヨッシーが走ると気付いて襲ってくる。ジャンプやコインを取った音にも反応する。; オバケ。姿を現しているとき、タマゴの破裂で出る花火でしか倒せない。
ブロックテレサ: ヨッシーが見ているとブロックに化けているテレサ。ブロックの時は上に乗れる。姿を現しているとき、花火を3回当てれば倒せる。
チビテレサ: 小さなテレサ。群れをなしている。タマゴをぶつけると倒せるが、無限に現れる。
おばけだま: パッチワークのような縫い目だらけの姿のオバケの球体。好き放題に動いているように見えるが、実は軌道に沿って移動している。
バーナーヘイホー: 炎を吹き上げるバーナーを持って歩いているヘイホー。床の下にいる為倒せない。

中間となる「くもの3ページ」にはコースごとに中ボスがいる。

ムシャムシャ: 跳ねて移動する綿菓子のような生物。舌を伸ばして体を舐めるたびに小さくなっていく。; クリア後の回想ではクモガシ（雲菓子）と呼ばれているが、公式攻略本や『スーパーマリオくん』での表記は「ムシャムシャ」。
ミエンデ: 透明なお化け。彼のいる場所は光の屈折によって背景が歪んで見える。くもの3ページの中ボスでは唯一花火でもダメージを与えることができる。
にゅうどう: 煙の魔神。普段は透明で攻撃が当たらず、その間は鉄球を落とす。火を吹く際に実体化する。
ドンババ: タラコ唇の怪獣。唇にタマゴを当てれば倒せる。歩くたびに金物が落ちてくるが、ヨッシーはこれらを食べて回復できる。

ラストステージ「さいごの6ページ」はどのコースを選んでもベビークッパとの戦いとなる。難易度はコース数に応じて上がる（攻撃頻度など）。

最初は緑のオバケに乗って高みの見物。パラシュートを付けたボムへいが次々と降りてくる。

3回ダメージを与えるとオバケから降りて炎やヒップドロップで攻撃してくる。

主人公がちびヨッシーで小さいため、敵キャラクターは若干大きめである（例：ヘイホーとヨッシーが同じくらい）。
発売前には「ヨッシーの絵本」というタイトルで製作予定だったが、後に「ヨッシーストーリー」に変更された。
北米版の『Yoshi's Story』では、途中セーブ機能があるため、本体のリセットボタンを押してもストーリーモードのセーブデータは保持されている。

ゲームボーイアドバンス用デモソフト

ゲームボーイアドバンスのハード性能を示すデモンストレーション用ソフトとしてヨッシーストーリーが採用され、本体発売前にはデモソフトが開発用機材で動作している様子や、ゲーム画面を本体の液晶画面にはめ込んだイメージ写真が雑誌やイベント用のパンフレットに掲載、公開された。